A Assembleia Geral é o encontro anual dos representantes dos membros da Rede. Para a celebração da Assembleia Geral, cada membro da Rede enviará sua a autoridade máxima ou representante indicado com direito a voto. As instituições podem indicar participantes adicionais sem direito a voto. Por proposta de qualquer membro da Rede, o Comitê Diretor poderá convidar especialistas e/ou representantes de organizações externas para participarem nas reuniões da Rede. A Rede terá como idiomas oficiais o espanhol e o português. Em caso de entrada de membros de países amazônicos com outros idiomas oficiais, o Comitê Diretor avaliará a adoção dos respectivos idiomas oficiais.

A Assembleia Geral tentará tomar decisões por consenso. Caso não seja possível, decidirá por maioria de votos. Se o voto não se referir a uma pessoa ou pessoas, a votação será realizada por votação manual, caso contrário, se realizará por voto secreto.

A Rede será governada por um Comitê Diretor formado por um representante de cada instituto membro fundador da Rede e um representante do BID. Dois destes representantes serão escolhidos como Presidente e Vice-Presidente da Rede, com duração de um ano. O Presidente e o Vice-Presidente não poderão ser do mesmo país. O Comitê Diretor será responsável por estabelecer prioridades temáticas; identificar necessidades de capacitação coletiva; desenvolver atividades, programas e projetos colaborativos; criar e dissolver grupos de trabalho; estabelecer parcerias; mobilizar recursos; e propor e aprovar novos membros.
O Comitê Diretor irá propor metas e diretrizes para executar os recursos disponíveis aos membros, e preparará um plano operativo e orçamentário anual para o cumprimento dos objetivos acordados.
A Rede poderá captar recursos para seus programas, projetos e atividades, e o Comitê Diretor será responsável por gerenciar as negociações e acordos com doadores e parceiros interessados.

A Rede terá uma secretaria técnica com as funções de conduzir a agenda de atividades; coordenar a realização de reuniões, capacitações e oficinas; e articular e mobilizar membros e parceiros. O BID ficará encarregado desta secretaria técnica durante o período de execução da cooperação técnica que financia a criação da Rede (RG-T4161). Após o término da cooperação técnica, o Comitê Diretor assumirá a responsabilidade pela secretaria técnica e avaliará a continuidade do BID no Comitê.

A Secretaria Técnica apresentará um relatório anual sobre as atividades, resultados e execução orçamentária no final de cada exercício. Esta informação estará disponível no website da Rede. O Comitê Diretor poderá solicitar relatórios parciais à Secretaria Técnica, quando necessário para apoiar a tomada de decisões.