La Asamblea General es el encuentro anual de los representantes de los miembros de la Red. Para la celebración de la Asamblea General, cada miembro de la Red enviará a su máxima autoridad o representante nominado con derecho a voto. Las instituciones podrán nominar participantes adicionales sin derecho a voto. A propuesta de cualquier miembro de la Red, el Comité Directivo podrá invitar a expertos y/o representantes de organizaciones externas a participar en reuniones de la Red. La Red tendrá como idiomas oficiales el español y el portugués. En caso de entrada de miembros de países amazónicos con otros idiomas oficiales, el Comité Directivo evaluará la adopción de los respectivos idiomas oficiales.

La Asamblea General intentará tomar decisiones por consenso. Si esto no fuera posible, tomará decisiones por mayoría de votos. Si el voto no se refiere a una persona o personas, la votación se realizará mediante sondeo manual, en caso contrario, se realizará mediante votación secreta.

La Red estará dirigida por un Comité Directivo formado por un representante de cada instituto miembro fundador de la Red y un representante del BID. Dos de los representantes serán elegidos como Presidente y Vicepresidente de la Red, con una duración de un año El Presidente y el Vicepresidente no podrán ser del mismo país. El Comité Directivo será responsable de establecer prioridades temáticas; identificar necesidades de capacitación colectiva; desarrollar actividades, programas y proyectos colaborativos; crear y disolver grupos de trabajo; establecer alianzas; movilizar recursos; y proponer y aceptar nuevos miembros.
El Comité Directivo propondrá metas y directrices para ejecutar los recursos disponibles a los miembros, y preparará un plan operativo y presupuestario anual para el logro de los objetivos acordados.
La Red podrá captar fondos para sus programas, proyectos y actividades, y el Comité Directivo será responsable de gestionar las negociaciones y acuerdos con donantes y socios interesados.

La Red contará con una secretaría técnica con las funciones de conducir la agenda de actividades; coordinar la realización de reuniones, capacitaciones y talleres; y articular y movilizar a miembros y socios. Esta secretaría técnica estará a cargo del BID durante el periodo de ejecución de la cooperación técnica que financia la creación de la Red (RG-T4161). Una vez finalizada la cooperación técnica, el Comité Directivo asumirá la responsabilidad de la secretaría técnica y evaluará la continuidad del BID en dicho Comité.

La Secretaría Técnica presentará un informe anual de actividades, resultados y ejecución presupuestaria, al final de cada ejercicio. Esta información estará disponible en el sitio web de la Red. El Comité Directivo podrá solicitar a la Secretaría Técnica informes parciales, cuando sean necesarios para apoyar la toma de decisiones.